A vila de São Luís de Cáceres foi fundada em 06 de outubro de 1778 pelo tenente de Dragões Antônio Pinto Rego e Carvalho, por determinação do quarto governador e capitão-general da capitania de Mato Grosso, Luís de Albuquerque de Melo Pereira e Cáceres, com o nome de Vila-Maria do Paraguai, veio em homenagem à rainha reinante de Portugal. No início, o povoado de Cáceres não passava de uma aldeia, centrada em torno da igrejinha de São Luiz de França (Luís IX de França). A Fazenda Jacobina destacava-se na primeira metade do século XIX por ser a maior da província de Mato Grosso em termos de área e produção. Foi lá que Sabino Vieira, chefe da Sabinada, a malograda Conjuração baiana, refugiou-se e veio a morrer em 1846.
As razões para a fundação do povoado foram a necessidade de defesa e incremento da fronteira sudoeste de Mato Grosso; a comunicação entre Vila Bela da Santíssima Trindade e Cuiabá e, pelo Rio Paraguai, com a capitania de São Paulo; e a fertilidade do solo no local, com abundantes recursos hídricos